Capital'e abone olun.
GÖRÜNMEZ İSTİLACILAR

Görünmez istilacılar

Siemens,doğada eşi benzeri görülmemiş organizmanın kimliğinin saptanmasında kilit rol oynadı.

Son Güncelleme: 01.08.2010

Siemens’de dedektifler iş başında! Kanıt bulmak için yığınla genetik şifreyi elekten geçiriyor, peşlerine düştükleri kaçakları keşfedebilmek için daha zekice ve hızlı araçlar geliştiriyor, hedeflerini etkisiz hale getirmek için üniversitelerden yetkililer ve hükümet ajanslarıyla birlikte çalışıyorlar. New Jersey, Princeton’daki Siemens Kurumsal Araştırmalar’da (SCR) program müdürü olan Gayle Wittenberg, “Bu iş biraz yırtıcı hayvan eğitimine benziyor. Yaptığımız işte her geçen gün daha da ustalaşıyoruz. Ancak peşine düştüğümüz virüsler ve bakteriler gibi kötü adamların genetik karakteristikleri sürekli bir evrim içinde olduğundan tanımlamak oldukça güç” diyor. ABD’de her yıl 20 bin ölümden sorumlu olan metisilin-dirençli kurnaz Staphylococcus aureus (MRSA) bakterisi gibi görünmez istilacılara karşı savaş henüz yeni başlıyor. Ancak Siemens’deki Wittenberg ve diğer moleküler dedektifler, “pandemik 2009 H1N1 grip virüsünün eşsiz özelliklerinin tanımlanması” gibi çok önemli başarılar elde etmiş durumda. Siemens araştırmacılarının 2009 H1N1 grip “zanlısını” tanımlama hikayesi, tıpkı sürükleyici bir polisiye romanın akışına benziyor. Meksika’da yaşanan sayısız ölüm vakasından sonra Dünya Sağlık Örgütü (WHO) ile ABD Hastalık Kontrol Merkezleri (CDC), 14 Nisan 2009’da ABD’nin 7 farklı hemagglutinin-neuraminidase (H1N1) virüsünün etkisi altında olduğunu açıkladı. WHO, 27 Nisan’da 6 puan üzerinden dördüncü seviyede bir salgın yaşandığı uyarısını yaptı. 28 Nisan’da da ABD Ulusal Sağlık Enstitüsü (NIH) bu virüse ait eldeki mevcut tüm genetik şifreleri internet üzerinden yayımladı. New Jersey, Princeton’daki Siemens Kurumsal Araştırmalar’da Siemens Global Tıbbi Bilgi Teknolojileri Alanı’nın başkanlığını yapan PhD Dorin Comaniciu, “Bu bilgi elimize geçer geçmez, derhal RAPID2 çözümü dediğimiz hızlı teşhis testlerinin geliştirilmesi için biyoişaretleyiciyi keşif sürecimize tabi tuttuk” diyor. Comaniciu, herhangi bir hastalık nedeni olan patojenin tanımlanmasında kilit olan hususun, kendi grubunun üyelerinde ortak olan genin bu kısımlarında yoğunlaşma yeteneği olduğunu söylüyor. “Aynı gruptaki iki genetik dizilim asla birbirinin tıpatıp aynısı olamaz. Ancak bu dizilimlerin bazı kısımları aynı olabilir. İşte bizim şablon algılama sorununa benzer yüz tanımlama ve öğrenen makinelerden ibaret deneyimimizi kazandığımız teknoloji de bu gerçeğe dayanıyor” diyor. Wittenberg, Comaniciu ve diğer SCR araştırmacıları, üstün performanslı iç içe geçmiş bir bilgisayarlar kümesi kullanarak, NIH’in H1N1 dizilimlerini halka açık bir dizi yaygın grip türleri veritabanıyla karşılaştırdı. Bu çabaları da çabucak meyvelerini verdi. NIH’in H1N1 kalıtsal yapısının sisteme girilmesinden sonra iki günden kısa bir sürede RAPID2, H1N1 virüsünü diğerlerinden ayırt eden “imzalar” veya “alfabesi” denilen eşsiz dizilimini tanımlamıştı. Bir şüphelinin parmak izine benzeyen bu virüsün genetik şifresinin bir kısmının dijital bir temsili olan bu bilgi, derhal Siemens Kurumsal Araştırmalar’dan California, Berkeley’deki dünya klasmanında bir araştırma ve geliştirme merkezi olan Siemens Moleküler Teşhis’e aktarıldı. Orada Global R&D yönetimi başkan yardımcısı olan Dr. Norbert Piel, “En deneyimli bilim insanlarımızdan biri, RAPID2’nin bilgisayar tarafından üretilmiş imzalarını kendi nükleik asit akranlarına, bir başka ifadeyle algılayıcı ayraçlarına tercüme edebilmeyi başardı”. Bu ayraçlar üretildikten sonra, Siemens’in kinetik polimer zincir reaksiyonu (kPCR) temelli genetik algılama platformu olan VERSANT aracılığıyla bilinen virüs türleriyle karşılaştırıldı. Test sonuçları alınır alınmaz bu bilgiler Siemens Moleküler Teşhis’in grip tahlillerine eklendi. Salgının kalbindeki bir Meksika devlet laboratuarına gönderildi ve otomatik VERSANT kPCR platformunda iki kere test edildi. Siemens Sağlık Bakım Teşhis Direktörü PDr.D James Uzgiris, “Oradaki sonuçlar bu ayraçların Hastalık Kontrol Merkezi’nde geliştirilenden çok, 2009 H1N1 virüsüne benzediğini ortaya koyuyordu. CDC tahlili ile yapılan karşılaştırmada bizim tahlilimiz2009 H1N1 virüsü olduğunu   söylüyordu. Biz bu sonuca RAPID2 algoritmasının ve VERSANT kPCR platformunun mükemmel kapasiteleri ve performansları sayesinde ulaşabildik” diyor. Siemens şimdi burada kullanılan yöntemler için bir patent başvurusunda bulundu ve grip testlerinde kullanılmak üzere ticari bir H1N1 ayracı geliştirecek bir iş kurulup kurulamayacağını analiz ediyor.

Çok amaçlı platform
Sayısız genetik kök eşleşmelerini hedefteki diğer tüm organizmalardan ayırt edebilen bir hesaplama sistemi (yani 2009 H1N1 salgınının diğer grip virüsleriyle karşılaştırılması) her seferinde farklı yapılması gereken bir süreçtir. Aslında SCR’nin RAPID2 teknolojisi burada sadece yeni ilaç dirençli HIV dizilimleri veya potansiyel biyo-savaş tehditleri gibi diğer tehlikeli virüslerin tanımlanmasını hızlandırmakla kalmayabilir, aynı zamanda bakterilerin ve hatta kanser hücrelerinin bile tespitini hızlandırarak geniş bir hastalıklar yelpazesinde çok daha sağlıklı ve ucuz tedavi yöntemlerinin kapısını aralayabilir. Hedefteki organizma ne olursa olsun, bu genetik kimlik tanımlama süreci işe büyük sayıda örneklerden oluşan DNA dizilimlerini araştırmakla başlar.  
  • 1
  • 2

  • Etiketler:

    İsminiz:

    Yorumunuz:


    FOTO HABER